Hola geq,
Creo es la forma más correcta ya que ese es el valor que te devuelve MySQL, y pues lo que podrías hacer para más portabilidad es:
Código PHP:
$emptyValue = "0000-00-00 00:00:00"";
if($row["fecha"]==$emptyValue) {
// no se ha ingresado una fecha
} else {
// se ha ingresado una fecha
$fecha=strtotime($row["fecha"]);
} ...
Así $emptyValue lo puedes pasar por muchos archivos y en caso de requerir un cambio solo cambias esa variable.
Saludos.