Colócalo antes de que cierre la etiqueta </body> para no tener problemas de carga tal y como recomienda Google en https://www.google.com/support/googleanalytics/bin/answer.py?answer=55488&hl=es_ES
Os dejo un vídeo para refrescar el veranito http://es.youtube.com/watch?v=WjAs5apo384
Cita:
Iniciado por PosicionamientoSeo 
Revisa el código de Analitycs en tu Web, prueba que esté colocado entre las etiquetas <head>Código</head>, y que además este código esté bien escrito en tu Sitio, ya que suele verse errores al copiarlo desde la Web de Analitycs hasta el código fuente.
Con esto realizado el trabajo ya es de Google, quién recopilará las estadísticas de tu Sitio.
Un saludo,
Gabriel