mm en realidad para tu caso concreto de hacer ese borrado de ID's .. la opción q distes es completamente valida:
Código PHP:
$consulta = "delete from tabla where id IN(".implode(', ', $HTTP_POST_VARS['check']).")";
Eso sí .. el "$id" pasa "directo" al Query sin ningun filtraje .. cosa que con el bucle foreach podrias usar alguna funcion por medio para validar ese $id antes de hacer la concatenación para aplicar el IN de SQL ...
Un saludo,