Hola 
astut 
A ver si te sirve esto. Creas la variable global 
ventana, abres el pop-up:  
Código:
 ventana = window.open('algo.html');
  y en la ventana principal:  
Código:
 <body onunload = "ventana.close()">
  Es sólo una idea. No estoy seguro, pero es posible que tengas que comprobar si el pop-up está abierto antes de cerrarlo. 
Saludos,