Cambio de URL's PHP y de los HTML salientes

[popobcn]

Hola a todos,

Me asaltan dudas importantes sobre como actuar en estos momentos... Estoy preparando un cambio importante de diseño y contenidos en un portal y me encuentro con el siguiente problema...

1. Tengo URL de páginas PHP que pueden o no cambiar
2. La salida de estas páginas esta optimizada ya con MODREWRITE

Actualmente hay más 6000 indexadas en Google de esta página en concreto... pero con los cambios, no se si proceder de la siguiente manera:

1. Eliminar desde WebmasterTools todas las URL's exceptuando el INDEX y las que coincidan
2. Optimizar el resto de las secciones con una estructuración más agradable de cara a Google.
3. Sobrecargar el HTACCESS y realizar redireccionamientos de las URL existentes a las nuevas URL php / html creadas.

Yo personalmente, me decantaria por la eliminacion de las URL, ya que la página en cuestión esta correctamente posicionada (1ª posicion en secciones que no se cambiarán) y el resto corresponden a enlaces que pocos o escasos resultados de busqueda pueden llegar a dar.

Estoy a horas de finalizar pruebas y realizar el cambio... pero este tema en concreto me esta dando muchos quebraderos de cabeza...

¿Qué hariaís vosotros?

Saludos! :)