Código PHP:
    <?php echo "var oEditor = FCKeditorAPI.GetInstance('texto');"; ?>    
   Código PHP:
    <?php echo 'var oEditor = FCKeditorAPI.GetInstance(\'texto\');'; ?>    
   Código PHP:
    <?php echo "var oEditor = FCKeditorAPI.GetInstance(\"texto\");"; ?>    
  Sólo necesitas escapar las comillas si están dentro de otras comillas iguales. 
Aunque, el que esté dentro de un if no te obliga a usar echo si no quieres:   
 Código PHP:
    <?php if(condicion) { ?>
var oEditor = FCKeditorAPI.GetInstance('texto');
<?php } ?>