Incorporar sistema con template sigma php a joomla

[subero]

buenas desarrolle un sistema de busqueda y listado de deficiencias en base de datos, pero se requiere que este integrado al joomla. probe colocandolo embebido y funciona perfectamente, pero me dicen que no es seguro, ahora si lo coloco como modulo pienso que es lo mismo, xq es el mismo codigo, ademas el sistema esta hecho con un modelo mvc con clases y esta compuesto de muchos archivos y es basado en l motor de template sigma como puedo yo integrar esto a joomla de la mejor manera sin modificar mucho mi codigo
gracias de antemano