Medio-automata con php

[defs]

el PDF incialmente se sube por un formulario que llega a una ruta y a la vez es enviado por ftp a otro servidor en el cual hay un programa que lo procesa y luego genera un pdf de salida y ese pdf es el que necesito registrar en la bd y a la vez enviar el correo, la opcion que yo vi fue que una persona lo adjuntara en un formulario.. pero me dijeron que NO, luego tengo que buscar algo automatico :S
y creo que va a tocar por una aplicacion de escritorio.. :(