Los datos se pasarán a la dirección donde envíes el formulario y por el metodo de envío por el que lo pases por POST ó por GET.
<div id="seleccombinado">
<select name="poblaciones" onChange="javascript
:mostrar_select(this.value)">
<option value=0>Elegir base de datos</option>
</select>
</div>
$_POST['poblaciones'];
$_GET['poblaciones'];
Y el valor que pasará sera el que tenga en el value del select seleccionado.
Si lo que quieres es hacerlo por ajax para generar otro tercer select automático tendrás que volver a llamar a la función (onchange="xajax_generar_select()), pasarle el segundo select y rehacer el Php.
Yo te recomiendo que si estás empezando con Php no te metas en estos fregados con Ajax, haz selects sencillos que lo que hagan sea recargar la página tomando el nuevo valor. O que te busques un ejemplo ya con tres selects que los hay.
Un saludo.