Como te decía, así se ahcen para poder ser manipulados en cualquier tipo de discos, sean FAT o NTFS, si exclusivamente tu no manejas FAT, que ya es raro encontrar quién lo use, pero aún se usa, si tu no usas nada de FAT, entonces te podrá funcionar, la restricción a la hora de hacer una autoría es hacerlo conforme a nu estándar, no precisamente queire decir que sea imposible técnicamente, pero se piensa en un formato para todo publico, de lo contrario sería hacer discos para FAT y discos para NTFS, lo cual no tiene razón de ser si puedes tener en un solo formato la compatibilidad para ambos. Algunos discos multimedia basan su estructura en FAT, y si compartes un Vob de 4 G no será compatible, simplemente ni lo verá.
Todos los reproductores estan adaptados para leer DVD's en la estructura de archivos no mayores a la cantidad especificada, la verdad no entiendo al necesidad de unirlos si el estandar es otro, pero tendrás tus motivos. Recuerda que un DVD basa su estructura en los archivos vob dentro de una carpeta VIDEO_TS, si no estan dentro de esa carpeta el estandar se pierde.
Si hicieras autorías como debe ser seguro, pero seguro te evitas las complicaciones.
