Una matización, Daniel: el validador del W3C sí valida archivos .php, lo que no puede es validarlos subiendo el archivo de tu disco duro ni mediante entrada directa, porque en realidad lo que valida es el resultado en html del php interpretado, es decir, que si pones una dirección web con un archivo .php lo valida, porque no valida el php en sí sino la interpretación del php en html.
Un ejemplo:
http://validator.w3.org/check?uri=ht...Inline&group=0