Yo tenia la misma idea cuando empece con php hace un tiempo... y me pasaba lo mismo. Los proyectos conocidos son ya muy grandes como para mirar por arriba como funcionan...
Puedes buscar proyectos que no deberian ser muy grandes, como un Guestbook, o un sistema simple de encuestas.
Fijate aqui si hay algun proyecto pequeño. Suerte!.
http://www.opensourcescripts.com/dir/PHP