prueba cambiando el onclick de lugar:
Código PHP:
echo '<td><a href="modificar_referencia.php?ope=3&codigo='.$reg['ref_prod'].'&ruta='.$ruta.' onclick="return confirm(\'Esta seguro que desea eliminar este item\')"><div align="center"<img border="0" src="../images/eliminar.png"></a></div></td>';
suerte y saludos.