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[jurena]

Primero unas preguntas:
¿está la tabla ya creada con su clave primaria?
¿son tus tablas MyISAM?
¿por qué quieres hacer eso? Piensa que la primary key sólo sirve para relacionar campos. Si tu objetivo es mostrar numeros sucesivos con ceros a la izquierda, como si se tratase la numeración de un recibo, la primary key autoincrementada no sirve bien, pues si borras un registro, habrás perdido su número en la secuencia. Por otra parte, no sé lo que sucedería (no lo he probado) si pones en relación una clave con ceros a la izquierda y una FK sin esos ceros..., y tampoco sé lo que ocurre si se trata de tabla InnoDB.
No obstante, si es lo que quieres, esto deja en 4 dígitos tu campo id y rellena con ceros a la izquierda... Consejo: piénsalo bien antes de hacerlo
ALTER TABLE nombretutabla MODIFY id INT(4) ZEROFILL NOT NULL AUTO_INCREMENT