Pues bien, como te expliqué, ¿qué pretendes hacer con la variable x?. Debes usar la variable d, así:
Código PHP:
function perc2() {
a = document.form1.c.value;
c = a/40;
d = c*100;
fdocument.form1.total2.value = d
if (d <=45){ document.bgColor='yellow'}
else {
if (d <=75){ document.bgColor='green'}
else {
if (d <= 100){ document.bgColor='red'}
}
}
}