Simple, te conectas 2 veces.
Código PHP:
$link = mysql_connect(...);
$link2 = mysql_connect(...);
mysql_select_db('db1', $link);
mysql_select_db('db2', $link2);
// Query a db1
$result = mysql_query('MI QUERY', $link);
// Query a db2
$result2 = mysql_query('MI QUERY', $link2);
Y no, no existe tal funcion.
Saludos.