En PHP podrías hacerlo así...
Código PHP:
//... viene de tu consulta
$c=1;
do
{
if ($c==1) echo "<tr>";
echo "<td>lo que quieras</td>";
$c+ =1;
if ($c>=3) $c=1;
}
while //... valores de tu consulta
Con eso, según el valor de $c te escribe un nuevo TR
Saludos!!