Efectivamente, como dice David, tienes que utilizar la instrucción AddHandler.
Antes de la línea
Controls.Add(Boton) le pones:
AddHandler Boton.Click, AddressOf xClick
y creas un procedimiento cómo este (aquí al pulsar en el boton #5 mostrará un mensaje con el nombre, pero puedes poner cualquier otra instrucción)
Código:
Private Sub xClick(ByVal sender As Object, ByVal e As EventArgs)
If sender.text = "Boton5" Then
MsgBox(CType(sender, Button).Name)
End If
End Sub
