Sin ver el código que usás, es difícil, pero vamos a intentar adivinando: Una de las causas más frecuentes del no funcionamiento en Explorer es usar cadenas con espacios en el segundo parámetro del método open. Es decir:
Código PHP:
window.open('http://www.algo.com','esta hará que no funcione en explorer','width=500,height=500')
Los espacios en ese segundo parámetro no afectan a otros navegadores, pero sí a Explorer.
Igualmente, creo que en otro
post te había dado esa respuesta, no?