Porque no lo tienes activado.
Ejecuta un
y fíjate qué versión es. El hecho que la hayas bajado recientemente no es óbice para eso (ayer bajé una aplicación de UML 2.0 que ya tiene 4 años y aún está disponible para descargar, a pesar de estar en el mercado la versión del 05/2008).
Además, por allí anda dando vueltas una versión 5.0 que no tiene activado el motor InnoDB, y que ocasionalmente la he visto aparecer en algunas universidades. Es un problema, pero lo mejor en ese caso es bajar la versión Community desde
la página de descargas de MySQL.