mmm... ves, asi se avanza mas.... ahora, vamos a comprobar que este bien el HTML que usas...
intenta cambiarle el name checkbox[] por alguno mas familiar, llamemosle.... borrar[]
solo que en esta ocasion... no asignes el ID al value... sino, dentro de las llaves del name
asi..
Código PHP:
<input type="checkbox" name="borrar[<?php echo $row['id']; ?>]"/>
vuelve a enviar el formulario, igualmente... un print_r() y si quieres tambien un echo al SQL, te espero... suerte!
PDTA: no vendria mal, revisar el codigo ya generado en el navegador (codigo fuente) y revisar personalmente como esta escrito...