OK, si te fijas... pones comillas de mas... ese es un error
Código PHP:
echo "<input type='checkbox' name='borrar[$row[id]]'>";
con respecto... al codigo fuente... ¿ya lo has revisado???
osea... el codigo generado, en HTML ???
ya comprobaste que realmente exista... checkbox[ID] respectivamente???
por cierto, intenta cambiar el name checkbox[] por algo comun.... borrar[] por ejemplo... xD