Mmmm...
Ok, Provemos con esto:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
function close_this_popup(){
window.opener.location.href='logout.php';//redirecciona la ventana que habrió el popup
window.close();//cierra el popup
}
</script>
esta funcion ponla en el popup, ahora para llamarla has algo como esto:
Código HTML:
<a href="javascript:close_this_popup()">LogOut</a>
Saludos y suerte...