Cuando abras la ventana en:
Código HTML:
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
function ventanaSecundaria (URL){
window.open(URL,"ventana1")
}
ventanaSecundaria("http://ventana_emergente");
</script>
</head>
<BODY>
</BODY>
</html> Puedes tambien abrir una petición usando ajax con la que declaras una variable global o una sesión en php. luego cuando se cierra la sesión puedes hacer otro include como lo haces para abrir la ventana pero para cerrarla. Para eso tendrías que usar la técnica de guardar la referencia a la ventana en una variable que propone Un_tico.