Hola Gokuh,
Si lo tienes que hacer desde programación vas a tener que conectarte a las dos bases de datos:
Código PHP:
$linklocal = mysql_connect("localhost", "user", "pass" );
$linkremoto = mysql_connect( "ip_servidor", "user", "pass" );
Despues haces sentencias MySQL en el servidor que quieras, obtienes los datos y lo insertas en el otro.
Saludos.