Hola chidomen,
 
Lo mejor es que recibas los datos en un formato como JSON así puedes comprobar, y ver a que div va el elemento, por ejemplo: 
Código:
 function handleReceiveIndios(){
			if (receiveReq.readyState == 4) {
				var status_div = document.getElementById('Indios');
				document.getElementById('Indios').innerHTML = '';
			        var json = eval(receiveReq.responseText);
                                if( json.div == "indios" ) {
                                             status_div.innerHTML = json.html;
                                } else {
                                             // tu otro div
                                             div.innerHTML = json.html;
                                } 
				mTimer = setTimeout('startIndios();',60000); //Refresh  in  seconds
				}else{
				document.getElementById('Indios').innerHTML='Cargando';
				}		
			}
  Saludos.