Te recomiendo que escapes la cadena que le pasás como argumento al confirm con esta función:
Código PHP:
function js_encode($s){
$texto='';
$lon=strlen($s);
for($i=0;$i<$lon;++$i){
$num=ord($s[$i]);
if($num<16) $texto.='\x0'.dechex($num);
else $texto.='\x'.dechex($num);
}
return $texto;
}
De esa manera no tendrás problemas con las comillas y otros caracteres.