Habría que ver en qué contexto estás testándolo, pero esto funciona sin problemas:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
<script>
window.onload=function(){
ifr=document.getElementById('miframe');
docIfr=ifr.contentDocument || ifr.contentWindow.document;
htmlPP=docIfr.body.innerHTML;
alert(htmlPP);
}
</script>
</head>
<body>
<iframe id="miframe" src="prueba.php"></iframe>
</body>
</html>