Obtener el valor del Iframe

[Panino5001]

No tiene que ver con que sean o no consultas php. Lo que sucede es que puede haber problemas con ciertos caracteres y javascript, pero eso ya no es responsabilidad de javascript en realidad. Si lo que necesitás es tomar el contenido para pasárselo a un campo de formulario por ejemplo, quizá te convendría codificar tu archivo rtf en base 64 por ejemplo (con base64_encode) y luego decodificarlo antes de procesarlo (con base64_decode).
Pero en síntesis, ya sabés cómo tomar la data, lo que queda ahora es manejarla para cumplir con tu objetivo.