Yo no creo que se esté ejecutando la prmera opción, creo mas bien que se está ejecutando el else.
Para probar, pon algo diferente en el else.
Código PHP:
$Lengua = $_GET['Lenguaje'];
if ($Lengua == "ES") {
include('../lang/ES.php');
} else if ($Lengua == "EN") {
include('../lang/EN.php');
} else { print "Hubo un error al cargar el idioma";}
Inténtalo y nos cuentas.
Esto no solucionará el problema, pero nos dará una mejor dirección para poder resolverlo.