Cita: prueba agregandole posiciones a cada elemento con z-index, a tu fondo z-index 1; y al menu una posicion mas arriba para que se monte encima del swf.
De hecho eso debería ser así en teoría, pero a la practica no funciona con flash a menos que tengan fondo transparente o algo así, no recuerdo bien. De cualquier modo ya das una parte de la respuesta. Ahora solo falta buscar como hacer que el z-index funcione con flash. Hay mucha info acerca de eso en la red.