Lo que queremos decirte es que no dejes vacío el innerHTML sino que coloques en él el código de incrustación de tu swf. Ejemplo:
Código PHP:
document.getElementById('idDeTuCapa').innerHTML='<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" width="510" height="408" id="FLVPlayer"> <param name="movie" value="FLVPlayer_Progressive.swf" /> <param name="salign" value="lt" /> <param name="quality" value="high" /> <param name="scale" value="noscale" /> <param name="FlashVars" value="&MM_ComponentVersion=1&skinName=Corona_Skin_3&streamName=video1&autoPlay=false&autoRewind=false" /> <embed src="FLVPlayer_Progressive.swf" flashvars="&MM_ComponentVersion=1&skinName=Corona_Skin_3&streamName=video1&autoPlay=false&autoRewind=false" quality="high" scale="noscale" width="510" height="408" name="FLVPlayer" salign="LT" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" /> </object>';
(Así, sin saltos de línea)
