mas o menos asi ...
Código PHP:
<?php
include("cabecera.php");
?>
<div id="contenido">aqui metes el contenido de tu pagina y donde quieras poner los anuncios haces un include al archivo que contiene el codigo de los anuncios, por ejemplo entre este texto y el que viene.
<?php include("anuncios.php"); ?>
y seguimos con el texto o con la pagina.
</div>
<?php
include("pie.php");
?>