Hola ferquetzal,
No concretamente puedes hacer algo así:
Código PHP:
ob_start();
$fil='67';
require_once("../sources/graph/graphporcentaje.php");
$out=ob_get_clean();
$fh = fopen( "archivo.png", "w" );
fwrite( $fh, $out );
fclose( $fh );
$sect->addImage( "archivo.png" );
Saludos.