Parece que funcionó la primera opción pero con un pequeño detalle, para hacer el remapeo de las urls tuve que poner las expresiones regulares en orden de forma que supongo que el framework comparará primero una de ellas y luego la otra haciendo una especie de condicional, de forma que han quedado:
Código:
$route['(account|webgen)/(.*)'] = "$1/$2";
$route[':any'] = "router/to"
Por ahora parece que funciona, habrá que verlo más adelante, gracias.