Desde un punto de vista de modelo de datos, una N:M con atributos no es una N:M, es una 1:N y una N:1 con una entidad propia en medio.
Me suena algo de que Hibernate te dejara igualmente, pero en el manual no veo nada asi que debe ser un caso raro
. Yo siempre los trato como dos 1:N.
S!