A ver, te explico, fíjate bien en el código que tienes, lo que hace es resaltar todas las palabras, lo único que nos interesa es esta parte:
Código PHP:
newText += bodyText.substring(0, i) + highlightStartTag + bodyText.substr(i, searchTerm.length) + highlightEndTag;
Mira que lo único que necesitamos para hacer lo mismo con una sola palabra es la posición i, que como dijiste ya has guardado en un array. Ahora, otra cosa interesante sería además de agregar el tag de resalte añadir un ancla para que podamos ir a la palabra resaltada.