No necesitas usar ese stopWatch, con solo poner Timer1.Enabled = True ya va a iniciar el Timer, y para pararlo solo usa Timer.Stop().
Para lo de que el usuario elija el tiempo, puedes pedirle cada cuántos minutos quieres que se ejecute en el TextBox, luego multiplicar ese valor para obtener los milisegundos. Algo como esto:
Código PHP:
Timer.Interval = Val(Text1.Text) * 60 * 1000