MyISAM no soporta transacciones, desde ese punto de vista no tienes soluciones: Si no hay transacciones no hay aislamiento ni control de concurrencias. La única solución que tienes es migrar de modelo a InnoDB.
La única forma implementada de transacciones en MyISAM es en PHP y se muestra en esta página:
Isotope: MyISAM Transactions., pero no es una transacción real sino emulada.
Si no puedes suprimir las MyISAM ... podrás resolver nada...