lo incluyes al momento de mandar llamar la película de flash algo así podría ser
Código PHP:
...
<?php
/* Aqui estas configurando el arreglo de los banners disponibles */
$arreglo_banner = array('images/banner1.swf', 'images/banner2.swf', 'images/banner3.swf');
/* Aqui pones en la variable banner uno de los del arreglo de manera aleatoria */
$banner = array_rand($arreglo_banner);
?>
<!-- despliegas la variable $banner en la parte el src del objeto flash -->
<object codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="486" height="120">
<param name="movie" value="<?php echo $banner ?>">
<embed src="<?php echo $banner ?>" quality="high"
pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="488" height="120">
...