Hola,
Ademas de las optimizaciones que te indica Lord Kazuky .... si "tabla1 -> columna1" y "tabla2 -> columna1" no son PK's, asegúrate que están indexadas ascendentemente (Si son PK's ya están indexadas usando InnoDB y MySQL 5).
Creo que deberías revisar los indices y la optimización del código de tu script PHP.
Saludos.
ps:
Un pequeño detalle que se me pasó por alto :
Cita: Tambien hay creo una funcion para ir enviando al cliente parcialmente el HTML generado (no recuerdo cual... ahh seguro en el manual esta, o te ayudan con eso mejor en el foro PHP)
PHP no usa buffers por defecto ... la página se va enviando conforme se va produciendo.
Si necesitas otro comportamiento necesitas las funciones ob_xxx, etc.