De pronto te puedo decir que pruebes asi:
Código PHP:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento sin título</title>
</head>
<body>
<script>
function popUp(xxx){
//ya tu ve como utlizas el parametro recibido
var popup=window.open("");
popup.document.write("<html><body>");
popup.document.write('
<?php $frecuenci = $row_Recordset1['canal'];
$query_canalista = sprintf("SELECT * FROM canales WHERE name = '$frecuenci' ORDER BY pos ASC", $colname_canalista);
$canalista = mysql_query($query_canalista, $conexion1) or die(mysql_error());
$row_canalista = mysql_fetch_assoc($canalista);
$totalRows_canalista = mysql_num_rows($canalista);
?>');
popup.document.write('<table width="500" border="0">
<tr>
<td colspan="6" bgcolor="#000099"><span class="Estilo1"><?php echo $row_canalista['name']; ?></span></td>
</tr>
<tr>
<td width="13%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">POS</div></td>
<td width="21%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">Satelite</div></td>
<td width="12%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">FR</div></td>
<td width="13%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">SR</div></td>
<td width="13%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">POL</div></td>
<td width="28%" bgcolor="#E2E2E2"><div align="center" class="Estilo6">Encriptación</div></td>
</tr><?php do { ?>
<tr>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['pos']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['sat']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['fr']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['sb']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['po']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['en']; ?></div></td>
</tr>
<tr>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['pos1']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['sat1']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['fr1']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['sb1']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['po1']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['en1']; ?></div></td>
</tr>
<tr>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['pos2']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['sat2']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['fr2']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['sb2']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="center"><?php echo $row_canalista['po2']; ?></div></td>
<td bgcolor="#E2E2E2"><div align="left"><?php echo $row_canalista['en2']; ?></div></td>
<?php } while ($row_canalista = mysql_fetch_assoc($canalista)); ?></tr>
</table>');
popup.document.write("</body></html>");
}
</script>
<a href="javascript:popUp('XXXXXXX')" class="menu Estilo6"><?php echo $row_Recordset1['canal2']; ?></a>
</body>
</html>
Pero debe de salir error, ya que conbinarias php con javascript en uno solo...
mejor xq no que el popup llame a una pagina que le pases el parametro y en ella, recien muestras la tabla..... es igual y mucho mejor.
Aplicalo tio, te ayudara....