Hola localhost, cómo vas??
Pues necesitas manejar perfiles en tu site...
1. Una tabla "usuarios"
2. Una tabla "empresas"
3. Una tabla "permisos"
4. Una tabla "archivos"
Con esas cuatro tablas ya tienes tu sistema... Lo primero y lógico, es que cada usuario(o cliente) debe pertenecer a una empresa.
Sabiendo esto, entran a jugar la tabla "permisos" y "archivos", dependiendo de tus necesidades, dejas si haces los permisos por usuarios o por empresa. También puedes hacer los permisos por archivo, ya es cuestión tuya. La idea principal es esa...
Cualquier cosa, pregunta de nuevo
Saludos