Fíjate en la lista de ventanas que tienes, al abrir un nodo aparecen sus hijas, si esas hijas tienen otras hijas también te permite abrir el Nodo:

Por ejemplo, para llegare al hWnd del ListBox del Spy++ deberías primero ir obteniendo los hWnd de los padres.
Además, otra cosa que no entendí, se supone que usas este código para obtener el hWnd de la ventana del Warning:
Código PHP:
Dim hwnd As Integer
hwnd = FindWindow(Nothing, "Reprox Warning")
SetActiveWindow(hwnd)
Entonces, ¿Por qué pones Label1.Text en la llamada a FindWindowEx?. Debería ser hWnd.