Cita:
Iniciado por David el Grande 
Lo que puedes hacer es un bucle hasta que encuentre el hWnd, ya que puede que en el mismo instante de pasar del SendNotifyMessage aún no se haya creado la ventana.
Exactamente David eso se puede hacer, con esto digo fin al tema al menos ya que logré por fin mi objetivo.
Lo que hice en vez de un bucle fue poner otro
timer con el mismo tiempo que el de autosalvar. Por ejemplo, autosalvar lo hacia cada 5 minutos por decir algo, el otro timer, duraba 5:00:00:01, entonces esa milésima de más fue la espera de que saliera la ventana que buscaba, entonces ahi si la encontraba.
Una vez encontrada la ventana, use lo siguiente en el procedimiento del timer creado:
Código PHP:
Private Sub SaveNow_Tick(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles SaveNow.Tick
Dim hwnd As Integer
If stopsavenow.IsRunning Then
Dim ts As TimeSpan = stoplapsos.Elapsed
'El textbox4.text es solo para ver como adelantaba una milésima al otro tiempo'
Me.TextBox4.Text = String.Format("{0:00}:{1:00}:{2:00}.{3:00}", ts.Hours, ts.Minutes, ts.Seconds, ts.Milliseconds / 10)
hwnd = FindWindow(Nothing, "Reprox Warning")
SetActiveWindow(hwnd)
SetForegroundWindow(hwnd)
keybd_event(VK_RIGHT, 1, 0, 0)
keybd_event(VK_RIGHT, 1, KEYEVENTF_KEYUP, 0)
keybd_event(VK_SPACE, 1, 0, 0)
keybd_event(VK_SPACE, 1, KEYEVENTF_KEYUP, 0)
End If
End Sub
Gracias David por todo!