Ya revisastes las funciones de php.net para trabajar con ficheros? ... (
www.php.net/manual/es) .. revisa las funciones como file() .. fwrite() y similares ..
Lo que se trataria en este caso es de generar tu consulta en una variable todo concatenado para luego hacer un fwrite() .. Acuerdate que para el fichero .. los salto de linea serian \n o \n\r .. y no <br> como lo generas para tu pagina HTML actualmente.
A todo esto .. ese fichero lo puedes guardar en el servidor y darle la ruta al usuario para que se lo descargue .. o tambien puedes enviarle en el instante la consulta generada (mejor dicho .. generar una consulta lista para ser enviada al navegador como un fichero "attachment" (adjunto) via header() necesarios ...).
Un saludo,