Listo Solucionado, no tenia definido el where, o sea que me lo hacia para todos los registros igual.
Asi quedo ahora completo Solucionado !!!
Código PHP:
<?php
include ('conexion.php');
if(isset($_POST['ok'])){
$resu_mp=mysql_query("select codigo,costo_mp_pesos,costo_mp_dolar from materia_prima_prueba order by codigo",$conexion);
while ($row1=mysql_fetch_array($resu_mp))
{
$row1["costo_mp_pesos"]=($row1['costo_mp_pesos']*$_POST['porc_aumento_mp']/100)+($row1['costo_mp_pesos']); $row1["costo_mp_dolar"]=$row1['costo_mp_dolar']*$_POST['porc_aumento_mp']/100)+($row1['costo_mp_dolar']);
mysql_query ("update materia_prima_prueba set costo_mp_dolar='$row1[costo_mp_dolar]', costo_mp_pesos='$row1[costo_mp_pesos]' where codigo='$row1[codigo]'", $conexion);
}
}
?>
Saludos !!!