Lo que quieres decir es que esto no funciona:
Código PHP:
$obj1=new Clase_MySQL();
$obj2=new Clase_MySQL('xxx.xxx.x.x','puerto','usuario','pass','BD');
$obj1->query('SELECT * FROM tbl_uno');
$obj2->query('SELECT * FROM tbl_dos');
Pero esto si:
Código PHP:
$obj1=new Clase_MySQL();
$obj1->query('SELECT * FROM tbl_uno');
$obj2=new Clase_MySQL('xxx.xxx.x.x','puerto','usuario','pass','BD');
$obj2->query('SELECT * FROM tbl_dos');
Mmm muy raro en teoria y viendo tu clase deberia de funcionar, y asi es como lo he utilizado y nunca me ha dado problema dado que las clases tengan sus parametros correctos (usuario y password para la bd).
Saludos.