Eso yo lo vería como 2 funciones que harías presente en cada una de las paginas web que tengas de tu sitio.
Cuando se maneja un sistema de afiliados, de cierta forma hay un control, pues existe un id por cada "amigo" que te envía usuarios y viciversa, se revisa que la ip no sea la misma para que no se haga flood ni spam de visitas con el objetivo de desmostrar muchas visitas, entre otroas métodos.
Lo importante aquí es que quieres que TODOS los sitios que recibas se guarden en un sitio por lo que tendrías que crear una tabla donde cada que entre un usuario haga un INSERT INTO no sin antes revisar si ese sitio ya ha sido insertado If sitio ya esta en la tabla, i++, sino lo INSERTAS.
todo esto es para darte una idea, claro está que no voy a desarrollarte el código en su totalidad, si lo comienzas y tienes dudas, con todo gusto te ayudaré, al igual que muchos otros del foro, mejores en programación y usabilidad que yo, pero si no comienzas algo...
un abrazo.
