Eso lo puedes hacer jugando con los puertos... si tienes el tomcat en el 80 el apache podria correr en el 81, 8080, 8081, etc...
Asi podrias conversar entre los dos incluso.
Desconozco si existe algun server jsp-php pero si tienes cosas hechas en java tal vez podrias integrarlas por medio de Zend Studio.
Suerte!
